Prologo
Palazzo dei Tornei, Nuova Luxor: stanno combattendo Asher dell'Unicorno contro Ban del Leone Minore  nell'incontro valido per i preliminari del torneo fra i dieci Cavalieri di Atena, che assegnerà al vincitore la Sacra Armatura d'Oro(del Sagittario). Da qui passiamo immediatamente al Grande Tempio (originariamente definito Sanctuary, una sorta di ricostruzione dell'Acropoli di Atene) dove, all'interno di un'arena, al cospetto del Grande Sacerdote, stanno per sfidarsi Pegasus e l'imponente Cassios, entrambi addestrati in Grecia, l'uno da Castalia e l'altro da Tisifone. La forza fisica di Cassios sembra avere la meglio sul giovane ragazzo, ma Pegasus riesce a vincere grazie al potere del suo cosmo, l'energia interiore dell'universo che risiede in ogni cavaliere. La sacra armatura va a Pegasus con le raccomandazioni del Grande Sacerdote di usarla solo in caso di estremo pericolo e a difesa della giustizia. Tisifone non si dà per vinta e, nottetempo, decide di assalire Pegasus per sottragli la Sacra Veste che, a suo dire, avrebbe dovuto essere indossata da un vero guerriero greco come Cassios e non da uno straniero come lui. Dopo un primo momento di difficoltà, Pegasus riesce però ad avere la meglio sulla sua rivale grazie all'aiuto dell'armatura di Pegasus, il cui spirito è stato risvegliato dall'ardente cosmo del giovane ragazzo. La Sacerdotessa guerriera, alla quale viene strappata involontariamente la maschera durante la lotta, giura vendetta poiché, a causa di un voto fatto durante l'investitura di sacerdotessa, nessuno può vedere il suo volto, pena la morte.

La Guerra Galattica
A Nuova Luxor, intanto Lady Isabel, nipote del grande Alman di Thule, ha organizzato la Guerra Galattica. Qui si sfidano i Cavalieri dello Zodiaco, 10 giovani addestrati nei 4 angoli del Mondo con le loro sacre armature. Costoro sono 10 giovani orfani adottati da Alman di Thule per creare una schiera di Cavalieri. Il migliore di loro avrà in dono la sacra armatura d'oro. La Guerra Galattica serve appunto a designare il migliore tra i Cavalieri. All'appello mancano ancora Cristal, Cavaliere del Cigno, Pegasus e Phoenix, il Cavaliere dell'Isola della Regina Nera e fratello di Andromeda. Intanto a Nuova Luxor giunge Pegasus, tornato non per partecipare alla Guerra Galattica, ma per ritrovare sua sorella Patricia. I due sono stati infatti separati alla partenza di Pegasus per la Grecia. Lady Isabel allora propone a Pegasus di partecipare alla Guerra Galattica e, se vincente, di aiutarlo a ritrovare la sorella.

La prima sfida vede Pegasus contro Geki dell'Orsa Minore. Anche qui Pegasus vince grazie alla sua forza di volontà e al suo cosmo. Intanto dalla gelida Siberia giunge finalmente Cristal, che affronta il Cavaliere Aspides. Cristal è padrone delle energie fredde e riesce a congelare l'avversario col suo colpo Polvere di Diamanti.
La seconda sfida di Pegasus è contro Sirio il Dragone. Il suo potente colpo Colpo segreto del Drago Nascente e lo Scudo del Drago rendono questo cavaliere un pericoloso avversario. Solo alla fine Pegasus scopre il punto debole di Sirio: quando costui lancia il colpo scopre per un attimo il petto all'altezza del cuore. Dopo aver infranto lo Scudo del Drago Pegasus colpisce il punto debole di Sirio e vince, sebbene sia stato colpito a sua volta, subendo un trauma cranico. Intanto Sirio subisce un infarto e solo un colpo della stessa potenza potrebbe arrestare l'infarto. Pegasus, nonostante il trauma riesce a ricolpire Sirio e ad evitare la sua morte.

La Guerra Galattica prosegue con la sfida di Andromeda con Asher dell'Unicorno. La Catena di Andromeda è un'arma molto potente e sconfigge presto Asher. Durante il combattimento però la catena si muove da sola e forma a terra la scritta "AXIA", che in greco antico significa "ciò che è prezioso". Andromeda capisce che si riferisce allo scrigno dell'armatura del Sagittario. Infatti dietro lo scrigno si cela Phoenix, suo fratello, che era dato ormai per morto. Il soggiorno sull'isola lo ha trasformato, dimenticando il fratello e divenendo devoto al male. Dopo aver colpito Andromeda, Phoenix ruba la Sacra Armatura sotto gli occhi di tutti e di Lady Isabel. Pegasus (uscito dall' ospedale), Sirio, Cristal e Andromeda si lanciano all'inseguimento di Phoenix e dei suoi sottoposti, il quale viene tempestivamente bloccato da Pegasus mentre cercava di indossare l'armatura.
I quattro cavalieri riescono così a recuperare solo 4 pezzi, mentre Phoenix conserva l'elmo e i restanti 4 pezzi.
I Cavalieri Neri

Sia l'armatura di Pegasus che quella di Sirio sono andate distrutte e per questo motivo il Dragone parte alla volta dello Jamir, dove incontrerà il Grande Mur, famoso riparatore di armature. Mentre Sirio si trova in viaggio, Pegasus, Cristal e Andromeda incontrano i Cavalieri Neri: Pegasus Nero, Dragone Nero, Cigno Nero e Andromeda Nero. I quattro Cavalieri Neri assieme a Phoenix sfidano i Cavalieri dello Zodiaco per il possesso della armatura d'oro nella Valle della Morte. Intanto Sirio incontra il Grande Mur, il quale però per riparare le armature richiede il sangue di Sirio. Costui accetta per salvare le due armature e il Grande Mur, commosso dal gesto eroico e di amicizia di Sirio, decide di salvargli la vita.
Nella Valle della Morte si incontrano i Cavalieri dello Zodiaco con i Cavalieri Neri. Pegasus riesce a ricevere l'armatura di Pegasus riportata da Kiki, fratello del Grande Mur. Pegasus affronta Pegasus Nero, battendolo facilmente e recuperando un pezzo dell'armatura. Subisce però il Fulmine di Pegasus Nero che ricopre il suo corpo di ematomi fino a fargli perdere i sensi e a finire in un crepaccio. Nel frattempo Cristal affronta e sconfigge Cigno Nero, il quale però riesce ad inviare un messaggio a Phoenix prima di morire, mostrandogli le tecniche di Cristal. Andromeda vede Pegasus precipitato nel crepaccio, ma sopraggiunge Andromeda Nero. Il Cavaliere Nero lancia la sua catena contro Andromeda e sembra vincere all'inizio, ma Andromeda spezza le catene dell'avversario e lo sconfigge. Anche Sirio giunge in aiuto di Andromeda per affrontare Dragone Nero. La forza del Cavaliere Nero è impressionante e Sirio è indebolito per aver perso troppo sangue per riparare le armature. Col Colpo segreto del Drago Nascente Sirio sconfigge Dragone Nero, a costo della vita. Quest'ultimo commosso dal senso dell'amicizia e dell'onore del cavaliere, prima di morire salva Sirio dalla morte per le emorragie interne, conseguenti dal colpo lanciato. Sirio cerca di salvare Pegasus dalla Morte Atroce riattivando le 13 stelle della costellazione di Pegasus. Nel frattempo Cristal trova e affronta Phoenix il quale vince e sembra uccidere Cristal, colpendolo al cuore. Subito dopo sopraggiungono Andromeda e Sirio e dopo Pegasus. Anche Cristal si risveglia. Adesso i quattro Cavalieri dello Zodiaco affrontano uniti Phoenix. Il cavaliere oscurato dal male colpisce col suo potente colpo Ali della Fenice i quattro. Ma davanti Pegasus si mette la Sacra armatura per salvarlo. Phoenix sembra cedere allora davanti all'amicizia dei quattro e racconta loro il motivo del suo odio verso tutti e del male fatto. L'Isola della Regina Nera, un'isola vulcanica nell'Oceano Pacifico è un luogo dove regna il male. Lì Phoenix riceve l'addestramento che lo porterà a conquistare l'armatura della fenice. Il suo maestro lo plagia, lo convince di odiare tutto e tutti ma Phoenix resiste fino a che durante uno scontro con lui il maestro colpisce la propria figlia al posto di Phoenix uccidendola, Phoenix che era innamorato di lei in preda a l'ira uccide il maestro.

Ma all'improvviso la terra trema. Giunge infatti il gigante Docrates col terribile Pugno di Ercole che distrugge tutto, mandato dal Grande Sacerdote Arles per recuperare l'armatura di Sagittarius. Nella lotta i quattro Cavalieri dello Zodiaco si salvano solo grazie all'intervento di Phoenix che però cade in un burrone, lasciando l'elmo della Sacra Armatura nelle mani di Pegasus.
I Cavalieri d'Argento

Arles, Gran Sacerdote del tempio di Atene (titolo che si è conquistato con l'inganno) decide di uccidere Lady Isabel perché scopre che è la reincarnazione della dea Atena, ed è l'unica che può spodestarlo dal suo titolo e rivelare a tutti le sue vere intenzioni malvagie. Per uccidere Lady Isabel, Arles invia diversi Cavalieri d'argento per sconfiggere i Cavalieri di bronzo traditori che la proteggono. Eris della Lucertola è il primo dei Cavalieri d'argento viene mandato insieme a Castalia per uccidere Pegasus ma viene sconfitto. Insieme a lui perdono la vita, Moses e Asterione che avevano cercato di usare Castalia come esca per Pegasus. Viene allora inviato Babel del Centauro che mette in difficoltà tutto il gruppo, venendo infine sconfitto da Cristal, dopo l'intervento decisivo dei Cavalieri d'acciaio. Contro Argor, Cavaliere d'argento di Perseo, Sirio è costretto ad accecarsi con le proprie mani per salvare i suoi amici pietrificati dallo scudo della Medusa. Con l'ennesimo fallimento Arles ordina a Damian del Corvo di rapire Lady Isabel. Viene però fermato da Pegasus che salva la ragazza. Con Pegasus ferito, Andromeda e Cristal lottano contro Agape dell'Auriga e Vesta di Cerbero,venendo in un primo tempo sconfitti, ma Phoenix affronta i due cavalieri d'argento sconfiggendoli. Informato della sconfitta dei Cavalieri d'argento, il Grande Sacerdote di Atena incarica allora un Cavaliere d'oro, Ioria del Leone, di occuparsi della faccenda. Però, siccome tale guerriero era fratello del presunto traditore Micene del Sagittario, invia anche altri tre Cavalieri d'argento affinché lo controllino. Ioria trova Pegasus in ospedale mentre affronta Tisifone, ma per errore ferisce quest'ultima. Decide allora di risparmiare Pegasus per il momento, scatenando l'intervento dei suoi tre Cavalieri d'argento, Argetti di Eracle, Dedalus della Mosca e Orione del Cane Maggiore. Il ragazzo è privo delle vestigia di Pegaso, ma quando sta per essere sconfitto viene in suo soccorso l'armatura del Sagittario, che riveste il suo corpo e gli permette di sconfiggere i tre avversari in un istante. Intanto sopraggiunge Lady Isabel e Ioria del Leone riconosce in lei la reincarnazione di Atena. Scopre quindi che il vero traditore non era suo fratello Micene come aveva sempre creduto, bensì il Sommo Sacerdote, e torna al Grande Tempio in Grecia per affrontarlo, ma la sua mente viene soggiogata dall'avversario, a causa dello scontro che ingaggia con Shaka della Vergine, che è convinto di essere nel giusto.